오토오상은 그나마 쉬운 표현이라 나중에 되더라도 사실 헷갈리는 일은 없습니다.

하지만 질문자님은 '오토오상'을 예를 든 것 뿐이고, 말씀하신대로 몇 년을 공부해도 자주 일본어를 쓰는 환경이 아니라면 단어가 생각이 나지 않을 때가 있고, 하물며 매일같이 쓰는 한글도 갑자기 말하고 싶은 단어가 생각이 나지 않을 때가 있는데, 마찬가지입니다.

자주 쓰지 않으면 순간적으로 이게 장음이 들어가는거였는지 그렇지 않은거였는지 헷갈리는 경우가 종종 있습니다.

자연스러운 현상이므로 괜히 여기에 포커스를 맞추실 필요는 없습니다.